A primitiva Igreja Matriz de Vila Franca foi instituída pelo
próprio Infante D. Henrique, que ordenou a sua construção,1 tendo sido Rui
Gonçalves da Câmara terceiro capitão do donatário da ilha, e seu primeiro
residente, quem a edificou.
Foi parcialmente soterrada pelo terramoto de 1522 e, de
acordo com a narrativa de Gaspar Frutuoso, foi logo reconstruída, para cujas
obras foram reaproveitados materiais de construção da primitiva igreja, além de
apoios do monarca. Os trabalhos mantiveram o mesmo tipo arquitectónico do
templo, em estilo românico.
Em 1589, o cardeal-rei autorizou o lançamento de uma finta
para o lajeamento da igreja e do adro e, em 1585, a Ordem de Cristo autorizou o
douramento da sua capela-mor. No contexto da Dinastia Filipina, tendo Vila
Franca do Campo sido atacada por corsários, o templo conserva no alçado da sua
torre sineira voltado para o mar a marca do impacto de um projétil de
artilharia, tendo abaixo dele sido inscrita a data do ataque: 1624, mesmo ano
em que a Companhia Neerlandesa das Índias Ocidentais conquistou a cidade do
Salvador, então capital do Estado do Brasil.
Durante os séculos XVII e XVIII os diversos corregedores e
visitadores registam-lhe diversos reparos a fazer. No século XVII, contava com
um realejo, o qual foi substituído mais tarde por um órgão.
O bispo da Diocese de Angra, D. Frei Valério do Sacramento
determinou, em 1747, que o templo fosse aumentado em altura e que a torre, toda
de basalto negro, igualmente fosse reparada.
No século XIX esta torre foi referida como "monumento
fúnebre", reclamando-se para ela uma caiação.
