Os primeiros franciscanos chegaram à Terceira por volta de 1456 e desde cedo trataram de edificar uma ermida e mais tarde, em 1470, um convento.
Esse primitivo conjunto (convento e ermida) foi demolido,
dando lugar ao atual, maior e mais imponente. Em 1663, reunidos por Frei Naranjo
os donativos necessários às obras, estas tiveram início. Três anos mais tarde,
os dormitórios e as oficinas estavam concluídos e, a 6 de Março de 1666, era
colocada solenemente a primeira pedra do novo templo.
A 1 de Outubro de 1672, concluídas as obras, procedia-se à
bênção, pelo então bispo de Angra, D. Frei Lourenço de Castro, após procissão
solene em que tomaram parte as autoridades civis, militares e eclesiásticas da
ilha.
Aqui esteve hospedado António I de Portugal quando de sua
estada na ilha.
Após a Revolução do Porto (1820), com a difusão das idéias
de cunho liberalista no país e no arquipélago, aqui foram recolhidos, em 1823,
quatro clérigos cinco frades e onze seculares, por professarem esses ideais. O
grupo foi detido na Praia e conduzido sob escolta militar até Angra. Entraram
no convento pela chamada "Porta dos Carros", uma vez que o adro se
encontrava repleto de populares, armados com "ferros cortantes de toda a
espécie", que tentavam linchar esses "pedreiros livres" e
"sevandijas".
No contexto da Guerra Civil Portuguesa (1828-1834), em maio
de 1829, a Junta Provisória acusou os franciscanos de serem "baluartes da
infidelidade" e, em dezembro desse mesmo ano, o convento recebeu ordens
para enviar todos os seus frades para a Praia (exceto três para os serviços
religiosos), uma vez que as suas instalações eram requisitadas para aquartelar
o Regimento Provisório de Infantaria, sob o comando do tenente-coronel
Bartolomeu Salazar Moscoso.
Com a extinção das ordens religiosas em Portugal (1834), e a
criação do Liceu de Angra do Heroísmo (1844), as suas dependências passaram a
ser utilizadas por esta instituição, que, sob a direção do padre Jerónimo
Emiliano de Andrade, foram instaladas no lado Oeste do edifício (voltado para o
centro histórico da cidade). As aulas iniciaram-se em Outubro de 1851,
entretanto ainda com sérias deficiências por falta de professores e de
instalações adequadas.
Posteriormente, em 1862, no lado Este do edifício, foi
inaugurado o Seminário Diocesano de Angra e, em 1864, instalado a primeira
estação meteorológica da Terceira, na ala Noroeste (na subida para o Alto da
Memória).
Em 1900 as instalações do Liceu de Angra foram transferidas
para o Palácio Bettencourt, antigo Paço Episcopal, tendo retornado poucos anos
mais tarde, em 1913, após a Implantação da República Portuguesa. Durante o
Estado Novo Português o Liceu era simplesmente referido como "Liceu
Nacional de Angra do Heroísmo", tendo sido transferido para um imóvel
próprio no ano lectivo de 1968-1969.
Encontra-se classificado como Imóvel de Interesse Público
pelo Decreto n.º 47 508, de 24 de janeiro de 1967, classificação consumida por
inclusão no conjunto classificado da Zona Central da Cidade de Angra do
Heroísmo, conforme a Resolução n.º 41/80, de 11 de Junho, e artigo 10.º e
alínea a) do artigo 57.º do Decreto Legislativo Regional n.º 29/2004/A, de 24
de Agosto.
Atualmente, as dependências do convento são ocupadas pelo
Museu de Angra do Heroísmo, que conserva algumas das pedras trabalhadas
pertencentes ao primitivo conjunto.
A igreja é considerada panteão; nela se encontram sepultadas
figuras notáveis como as de João Vaz Corte-Real e Paulo da Gama, irmão de Vasco
da Gama. A sepultura de Paulo da Gama encontrava-se na primitiva Capela de
Nossa Senhora da Guia, hoje desaparecida.
Em janeiro de 2102 foi concluída a restauração do órgão,
construído em 1788 por António Xavier Machado e Cerveira com o número 22, e que
se constitui no mais antigo deste construtor no arquipélago. Em muito mau
estado de conservação, foi atingido pela derrocada parcial de um dos arcos do
templo quando do terramoto de 1980, sendo desmontado em 1981. As obras ficaram
a cargo de Dinarte Machado, com recursos da Direção Regional da Cultura. A
recuperação deste órgão encerrou o restauro de todos os órgãos históricos de
Angra do Heroísmo.
Características
O interior da igreja é amplo, dividido em três naves, com
planta no formato de uma cruz cujo topo forma a capela-mor, também bastante
espaçosa.
Sobre o pórtico da entrada eleva-se o magnífico coro do
convento.